تعود فكرة بطولة السوبر السعودي المصري إلى عام 1998 في إطار توأمة بين اتحادي الكرة في البلدين، على أن تلعب البطولة من مباراتين إحداهما في السعودية وتجمع بطلي الكأس في البلدين على كأس خادم الحرمين الشريفين، والأخرى في مصر وتجمع بطلي الدوري على كأس الرئيس المصري.
واحتاجت البطولة ثلاثة أعوام لترى النور عام 2001، وكانت تبلغ جوائز البطولة مليون ريال يحصل الفائز على 750 ألفًا منها، وصممت كأس البطولة خاصة في إيطاليا.
ولعبت البطولة مرتين فقط خلال الفترة الماضية، وكان ذلك في عامي 2001 و2003، وفازت الأندية السعودية بثلاث بطولات بواقع بطولتين للاتحاد وبطولة للهلال، فيما توّجت الأندية المصرية باللقب مرة واحدة وكان من نصيب الزمالك.
وأجريت المباراة الأولى في 18 مايو 2001 بين الهلال "بطل كأس ولي العهد" والإسماعيلي "بطل كأس مصر"، وانتهت المباراة بفوز الهلال "2ـ1" بهدف ذهبي سجله خالد التيماوي بعد تعادلهما في الوقت الأصلي "1ـ1"، أما المباراة الثانية التي لعبت في 21 مايو من العام نفسه جمعت بين الأهلي المصري "بطل الدوري" والاتحاد "بطل الدوري السعودي"، وحسمها الاتحاد "3ـ2" بهدف ذهبي أيضًا سجله حسن اليامي بعد تعادلهما "2ـ2" في الوقت الأصلي.
وشارك الاتحاد في المباراتين نظرًا لفوزه بالثنائية المحلية "الدوري والكأس"، بينما شارك الإسماعيلي وصيف كأس مصر بدلًا من الأهلي الذي اعتذر عن المشاركة. وانتهت المباراة التي أجريت في جدة في الرابع من يوليو 2003 بفوز الاتحاد بهدف ذهبي سجله حمزة إدريس. وبعدها بعشرين يومًا أجريت المباراة الثانية في القاهرة بين فريقي الزمالك والاتحاد، وانتهت المباراة بفوز الزمالك "2ـ1" بركلات الترجيح بعد التعادل السلبي.