يحتضن مركز المخطوطات في مكتبة الحرم المكي نحو 8 آلاف مخطوطة نادرة باللغة العربية، وأكثر من 370 مخطوطة بلغات متنوعة، إضافة إلى ما يزيد عن 2750 مخطوطة مصوَّرة، و550 مجلدًا من الفهارس القديمة، يمكن للحاج الاطلاع عليها خلال زيارته المكتبة، وفقًا لموقع رئاسة شؤون الحرمين الإلكتروني.
ويضم المركز مخطوطات عدة، من أبرزها: “فوائد البزاز في أجزاء الحديث” لمؤلفه محمد الشافعي عام 965 م، حيث تعد أقدم مخطوطة في المركز، و”مسند الموطأ” لمؤلفه عبد الرحمن الغافقي، والنسخة الوحيدة في العالم، و”مجمع البحرين في زوائد المعجبين” لمؤلفه نجم الهيثمي.
وآخر ما ضُمَّ إلى المركز من إرث علمي نادر وقديم مخطوطاتٌ خاصة من مكتبة الشيخ عبد الله بن حميد، ويجري العمل على تقسيمها وتوزيعها بين رفوفه.
ويُعنى المركز بالمخطوطات الأثرية، التي تم توزيعها على ثلاثة أقسام، وهي: قسم المخطوطات، وقسم الكتب النادرة والطبعات القديمة، وقسم الميكروفيلم.