تدور أحداث مسلسل “ملف سري” حول عائلة كانت لها تعاملات اقتصادية كبيرة داخل السوق المصري من حيث عدد الشركات والمصانع الكبرى، والمعروف عن هذه العائلة النزاهة، لكن تم كشفهم عن طريق بعض الرجال الشرفاء، ليقعوا تحت يد المستشار يحيى عز الدين “القاضي”، وهي الشخصية التي يلعبها الفنان هاني سلامة.
ويعد المستشار مثالًا للشرف ويتصدى لهم ويرفض كل سبل الابتزاز ويهددونه بأهله حتى يتم قتل خطيبته في ظروف غامضة مع أحد أفراد العائلة خارج مصر، ما يجعله يقرر أن يقضي على أسطورة العائلة الفاسدة، ولكن أثناء هذه الرحلة يلتقي مريم المالكي ابنة هارون المالكي، وتبدأ رحلتهما معًا لمحاربة الفساد وإظهار الحقائق.